Organami Stowarzyszenia Białostockiego Obszaru Funkcjonalnego są: Walne Zebranie Członków, Zarząd oraz Komisja Rewizyjna.

Walne Zebranie Członków jest najwyższym organem Stowarzyszenia Białostockiego Obszaru Funkcjonalnego i w jego skład wchodzą Wójtowie, Burmistrzowie oraz Prezydent Miasta z wszystkich Gmin SBOF.

Zarząd kieruje bieżącą działalnością Stowarzyszenia.

W skład Zarządu Stowarzyszenia Białostockiego Obszaru Funkcjonalnego wchodzą:

Prezes Zarządu

Tadeusz Truskolaski – Prezydent Miasta Białegostoku

Członkowie Zarządu

Krzysztof Marcinowicz – Wójt Gminy Juchnowiec Kościelny

Adam Tomanek – Burmistrz Miasta i Gminy Zabłudów

Od lewej: Krzysztof Marcinowicz, Tadeusz Truskolaski, Adam Tomanek

Komisja Rewizyjna jest organem kontrolnym Stowarzyszenia.

Skład Komisji Rewizyjnej Stowarzyszenia Białostockiego Obszaru Funkcjonalnego:

Przewodniczący Komisji:

Grzegorz Jakuć – Wójt Gminy Turośń Kościelna

Członkowie Komisji:

Robert Wardziński – Burmistrz Choroszczy

Bogdan Zdanowicz – Wójt Gminy Dobrzyniewo Duże