Organami Stowarzyszenia Białostockiego Obszaru Funkcjonalnego są: Walne Zebranie Członków, Zarząd oraz Komisja Rewizyjna.
Walne Zebranie Członków jest najwyższym organem Stowarzyszenia Białostockiego Obszaru Funkcjonalnego i w jego skład wchodzą Wójtowie, Burmistrzowie oraz Prezydent Miasta z wszystkich Gmin SBOF.
Zarząd kieruje bieżącą działalnością Stowarzyszenia.
W skład Zarządu Stowarzyszenia Białostockiego Obszaru Funkcjonalnego wchodzą:
Prezes Zarządu
Tadeusz Truskolaski – Prezydent Miasta Białegostoku
Członkowie Zarządu
Krzysztof Marcinowicz – Wójt Gminy Juchnowiec Kościelny
Adam Tomanek – Burmistrz Miasta i Gminy Zabłudów
Od lewej: Krzysztof Marcinowicz, Tadeusz Truskolaski, Adam Tomanek
Komisja Rewizyjna jest organem kontrolnym Stowarzyszenia.
Skład Komisji Rewizyjnej Stowarzyszenia Białostockiego Obszaru Funkcjonalnego:
Przewodniczący Komisji:
Grzegorz Jakuć – Wójt Gminy Turośń Kościelna
Członkowie Komisji:
Robert Wardziński – Burmistrz Choroszczy
Bogdan Zdanowicz – Wójt Gminy Dobrzyniewo Duże